這次講解堿裂解法，從大腸桿菌中抽提質粒的基本原理。

我們將搖菌得到的混合物離心，去除培養基，就可以獲得大腸桿菌，加入溶液1重懸。溶液1含緩沖成分，和抑制Dnase的EDTA。加入溶液2，含NaOH和SDS。在強堿環境下，細菌的細胞壁和細胞膜被破壞，釋放出基因組DNA和質粒DNA。此時基因組DNA雙螺旋結構被破壞，發生變性。質粒DNA也會發生變性，但兩條互補鏈仍會互相盤繞，并緊密的結合在一起。

當加入溶液3（含醋酸鉀溶液）使pH恢復中性時，共價閉合環狀質粒DNA復性快，而線性的染色體DNA復性緩慢，細菌蛋白質、破裂的細胞壁和變性的染色體DNA會相互纏繞成大型復合物，被十二烷基硫酸鹽包蓋，從溶液中有效地沉淀下來。經過離心除去變性劑后，就可以從上清中回收復性的質粒DNA。

質粒抽提試劑盒中，通常還有 DNA吸附柱，將質粒DNA吸附，其他的雜質被洗去。最后用洗脫液，將質粒DNA洗脫下來。

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